En el verano de 1703 Bach fue invitado a probar el órgano de la Neuekirche de Arnstadt, tercera iglesia en importancia de la ciudad, pero con un interesante nuevo órgano. Causó tal impresión que un mes más tarde fue formalmente contratado como organista, con un sueldo doble al de su predecesor, su primo Johann Ernst.
Quizás las prestaciones de ese instrumento fueron alimento para su futura y hoy famosísima Tocata y Fuga en re menor, pero lo seguro es que con el puesto obtuvo mucho tiempo para practicar con su instrumento favorito y desarrollar su talento creativo; su talento dramático ya se podía apreciar entonces en el Preludio y Fuga en Do menor BWV 549, una buena muestra además de su brillante escritura contrapuntística.
Respecto a la profundidad de sus sentimientos, que al menos hoy parece excepcional en alguien que no alcanzaba los veinte años, basta escuchar el breve Arioso con que se inicia el Capriccio sopra la lontananza del fratello dilettissimo para clavecín que compuso en esos años, probablemente a raíz de la partida de su hermano Johann Jakob.
Aunque durante mucho tiempo se pensó que la primera de sus cantatas de iglesia había sido la No. 15, Denn du wirst meine Seele nicht in der Hölle lassen, («Porque no dejarás mi alma en el infierno»), interpretada en la Pascua de 1704, los especialistas atribuyen hoy esta obra a su primo segundo Johann Ludwig, conocido como “el Bach de Meiningen”. No se sabe con certeza cuál fue realmente la primera compuesta por Johann Sebastian, pero sí que el coro con que contaba en Arnstadt era bastante menos que adecuado, y que enseguida pidió ser relevado de sus deberes como director del mismo. Su petición fue contestada con una reprimenda que apuntaba a su mala relación con los escolares del coro como la fuente del problema, y es cierto que su interés primordial (y también su contrato, como él argumentaba una y otra vez) estaba vinculado al órgano. Una segunda reprimenda, resultado de una pelea callejera con su fagotista, deterioró aún más sus relaciones en Arnstadt.
En 1705, Bach obtuvo un mes de permiso para escuchar al renombrado Dietrich Buxtehude, organista de la Marienkirche de Lübeck. Bach hizo a pie los más de 400 kilómetros hasta Lübeck y quedó tan impresionado por el brillante sonido del coro, el órgano y los 40 instrumentistas que interpretaban la Abendmusiken anual, unos conciertos que se daban en esa iglesia al atardecer, que permaneció allí durante cuatro meses sin hacer llegar explicación alguna a Arnstadt. Pero Bach también debió impresionar, porque le ofrecieron nada menos que suceder en el puesto a Buxtehude. Sin embargo, la oferta incluía la estipulación tradicional de casarse con una de las hijas de Buxtehude, y como la candidata era considerablemente mayor que Bach y en Arnstadt esperaba su prima María Bárbara, Bach rechazó la oferta, del mismo modo que, en las mismas circunstancias, habían hecho un par de años antes Händel y Mattheson.
Cuando Bach regresó con tres meses de retraso a Arnstadt, estaba lleno de nuevas ideas y empezó por imitar a Buxtehude componiendo preludios de órgano muy largos: Al ser pronto amonestado por ello, replicó con preludios extremadamente cortos.
Además, empezó a improvisar con las virtuosas técnicas que había aprendido y a acompañar los himnos con lo que fue calificado de “extrañas variaciones y adornos irrelevantes que confundían a la comunidad”. Al catálogo de quejas, se añadió la acusación de aprovechar los sermones para visitar las bodegas y de tocar el órgano en la iglesia para entretener a una “doncella desconocida”, quizás la prima María Bárbara, con quien pronto se casaría. No es pues raro que la congregación no pusiera reparos cuando Bach aceptó un puesto de organista en Mühlhausen. Para apoyar su candidatura había presentado una cantata, la BWV nº 4, Christ lag en Todes Banden (Cristo yacía amortajado), que esa sí se halla entre las primeras que compuso y es ya una obra absolutamente magistral
que merece ser escuchada en su totalidad.
Ancha es mi casa 
Bach es demasiado importante ,como para tomarselo a broma.
ua y adióoooos.
Pero hay gente para todo